31 июля 2012 года Калининградская оперативная таможня будет присоединена к Северо-Западной оперативной таможне города Санкт-Петербурга. В результате чего будет проведена реорганизация Калининградской оперативной таможни, по итогам которой будет уволено 214 человек. Соответствующие изменения, по информации, полученной от СЗТУ, предусматриваются приказом ФТС России с целью совершенствования структуры таможенных органов, который вышел 17 апреля 2012 года.
Без передачи штатной численности штат Калининградской оперативной таможни уменьшится на 33 должности федеральных госслужащих, также будут уволены 163 сотрудника таможни и 18 работников, что в итоге составит 214 человек. При этом сотрудникам Калининградской таможни, которые в рамках проводимой реорганизации будут назначены на новые должности, обещают сохранить имеющиеся оклады, даже если по новой должности им положена меньшая зарплата.
В сферу деятельности Северо-Западной оперативной таможни будут входить: Калининградская область, море и внутренние воды, которые омывают берега Калининградской области.
Кроме того, Северо-Западному таможенному управлению будут переданы все дела об административных правонарушениях, уголовные дела, вещественные доказательства по этим делам, а также изъятые товары.